والحديث عن قفصة يحتّم الحديث عن تلك الحضارة " القفصية" حوالي الألفيّة الخامسة قبل الميلاد التي انعرجت بتاريخ الحضارة في شمال إفريقيا منعرجا حاسما. فلا غرابة إذن أن يحتلّ ما قبل التاريخ في هذا المتحف مكانة متميّزة، حيث تعرض أدوات مختلفة من الصوّان والحجارة المنحوتة أو من العظام المنقوشة، كما تعرض تمثيلات إنسانيّة وحيوانيّة ومظاهر مادّية لنوع من الحياة الروحيّة. ويمكن استكمال زيارة هذا القسم، إتماما للفائدة، بزيارة رمادية في حيّ آخر من أحياء المدينة. وهو آخر مكان من فترة ما قبل التاريخ نجا من الخراب ويبدو في شكل جثوة مكوّنة منذ عهود ما قبل التاريخ من رواسب من الرّماد سميكة ممزوجة بشظايا من الصوّان وقشور الحلزون (وقد كانت هذه الرخويّات تشكّل الطعام الأساسيّ المستهلك عادة في العهد القفصي).